A Agricultura convencional praticada nos dias de hoje visa, acima de tudo, produção, deixando em segundo plano a preocupação com a conservação do Meio Ambiente e a qualidade nutricional dos alimentos.

    Ao melhorar geneticamente uma planta para que ela produza mais, pode-se estar reduzindo sua resistência a pragas e doenças, pois sua energia é desviada da parte vegetativa para a reprodutiva. Substâncias indesejáveis, como alcalóides, que dão sabor amargo aos alimentos são eliminados. Além disso, as plantações ficam sem variabilidade genética.  Assim, essas plantas tornam-se mais vulneráveis a pragas e doenças.

    As plantas escolhidas para o melhoramento geralmente são as que melhor respondem à adubação mineral, tornando necessária a aplicação freqüente de fertilizantes solúveis, ocasionando desequilíbrio mineral no solo.

    Um outro problema que geralmente ocorre com as plantas melhoradas, é que quando são híbridas, o agricultor não consegue reproduzi-las em sua propriedade e precisa sempre comprar as sementes da empresa que as produz.

    O sistema de monocultura favorece o aparecimento de pragas, doenças e ervas invasoras, fazendo com que o agricultor tenha que utilizar agrotóxicos para conseguir produzir. Esse sistema também provoca rápida perda de fertilidade do solo, pois facilita a erosão, reduz a atividade biológica e esgota a reserva de alguns nutrientes.

    Os insumos agrícolas utilizados são na sua maioria derivados direta ou indiretamente do petróleo, que resultam num alto custo energético para sua obtenção, ocasionando um balanço energético negativo, ou seja, a energia produzida pela cultura é menor que a energia gasta para sua produção.

    Assim sendo, o agricultor está sempre dependendo das grandes empresas, seja para comprar sementes, fertilizantes, inseticidas, herbicidas, etc. e quem acaba por ficar com a maior parte (40% a 80%) do lucro são elas.

    Na produção animal também ocorrem os mesmos problemas. Os animais são vistos como mini indústrias de produção de alimentos, não como seres vivos, e sofrem maus tratos pelos produtores. Ficam confinados em locais minúsculos, às vezes no escuro, alguns são alimentados à força, ou são mutilados.

    Os animais também recebem hormônios para crescerem e engordarem mais rápido, produzirem mais leite, etc. e tomam antibióticos em grandes quantidades. Isso tudo afeta a qualidade dos alimentos obtidos, que podem conter resíduos dessas substâncias e prejudicar a saúde de quem os consome.